【会社員向け】医療費控除のやり方5ステップ｜対象医療費・上限200万円の計算方法・還付申告の出し方まで
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病院や薬局で払ったお金は、一定額を超えると税金が戻ってきます。とはいえ会社員は年末調整で税金の手続きが完結するため、確定申告そのものになじみがなく「面倒そう」と後回しにしがちです。
実際にやることは、レシートを集めて明細書を作り、還付申告を出すだけ。この記事では医療費控除のやり方を、国税庁の一次情報をもとに5ステップで整理します。
医療費控除のやり方は5ステップ｜まず結論
医療費控除は、1年間（1月1日〜12月31日）に支払った医療費が一定額を超えたときに、その分だけ課税対象の所得を減らせる制度です。年末調整では処理されないため、会社員でも自分で申告する必要があります。
全体像は次の5ステップです。慣れれば、レシートの集計を含めても半日程度で終わります。
| ステップ | やること | ポイント |
|---|---|---|
| 1 | 1年分の医療費レシート・領収書を集める | 生計を一にする家族の分も合算できる |
| 2 | 保険金などで補填された額を差し引いて集計する | 控除額の上限は200万円 |
| 3 | 「医療費控除の明細書」を作る | 医療費通知があれば記入を省略できる |
| 4 | 確定申告書を作成する（e-Taxまたは書面） | 会社の源泉徴収票の内容を転記する |
| 5 | 税務署へ提出し、還付金の振込を待つ | 還付申告は5年間いつでも提出できる |
急ぐ必要はありません。医療費控除のように税金が戻る申告（還付申告）は、通常の確定申告期間とは切り離されています。国税庁タックスアンサー No.2030「還付申告」にも「還付申告書は、確定申告期間とは関係なく、その年の翌年1月1日から5年間提出することができます。」と明記されています。
出典: いらすとや
医療費控除の対象になる医療費・ならない医療費
判断の軸は「治療のために必要な支出かどうか」です。国税庁タックスアンサー No.1122では、対象になるのは「その病状などに応じて一般的に支出される水準を著しく超えない部分の金額」と定められています。予防や美容が目的の支出は、金額が大きくても対象外です。
対象になる医療費の例
- 医師・歯科医師による診療・治療の対価
- 治療に必要な医薬品の購入費（市販薬でも治療目的なら対象）
- 入院費
- あん摩マッサージ指圧師・はり師等による施術費
- 保健師・看護師等による療養上の世話の対価
- 助産師による分娩の介助料
- 通院のための公共交通機関の運賃
- 松葉づえなど医療用器具の購入代
対象にならない医療費の例
- 健康診断・人間ドックの費用
- 予防目的のワクチン接種代
- 医師への謝礼金
- 疲れを癒す、体調を整えるだけの施術
- 美容目的の費用
- 自家用車で通院した場合のガソリン代・駐車場代
- タクシー代（緊急時など特別な事情がある場合を除く）
健康診断は原則として対象外ですが、その結果として重大な疾病が見つかり、引き続き治療を受けた場合には、その健診費用も対象になり得るとされています。判断に迷う支出は、レシートを捨てずに残しておくのが安全です。
医療費控除はいくら戻る？計算式と上限200万円
控除額の計算式
国税庁タックスアンサー No.1120によると、医療費控除額は次の式で計算します。控除額の上限は200万円です。
（実際に支払った医療費の合計額 − 保険金等で補填される金額）−（10万円と総所得金額等の5%相当額のいずれか低い方の金額）
たとえば総所得金額等が500万円の人が、年間30万円の医療費を払い、うち10万円が保険金等で補填された場合はこうなります。
| 項目 | 金額 |
|---|---|
| 支払った医療費の合計 | 30万円 |
| 保険金などで補填された額 | 10万円 |
| 差引後の医療費 | 20万円 |
| 差し引く基準額（10万円と総所得金額等の5%の低い方） | 10万円 |
| 医療費控除額 | 10万円 |
注意したいのは、この10万円がそのまま振り込まれるわけではないことです。医療費控除は課税対象の所得を減らす仕組みなので、実際の還付額は控除額に対して適用される税率の分だけになります。
セルフメディケーション税制とは「選択制」
市販薬の購入が多い人向けにセルフメディケーション税制（特定一般用医薬品等購入費の特例）という別枠がありますが、国税庁タックスアンサー No.1131のとおり通常の医療費控除との選択適用で、両方を同時に受けることはできません。
| 比較項目 | 通常の医療費控除 | セルフメディケーション税制 |
|---|---|---|
| 主な対象 | 診療費・入院費・通院費・医薬品など | スイッチOTC医薬品等（ドラッグストアなどで買える市販薬のうち、対象として指定されているもの）の購入費 |
| 有利になりやすい人 | 通院・治療費が10万円を超える人 | 市販薬の購入額が多い人 |
| 併用 | 不可（どちらか一方を選ぶ） | 不可（どちらか一方を選ぶ） |
たとえば先ほどと同じ総所得金額等500万円の人が、通院はほとんどなく市販薬（スイッチOTC医薬品等）の購入が中心だったとします。通常の医療費控除は「10万円と総所得金額等の5%相当額のいずれか低い方」を超えた分しか控除できないため、市販薬の年間購入額がこの基準に届かなければ控除は使えません。一方セルフメディケーション税制は、通院・治療費が少なくても市販薬の購入額が多い人ほど有利になりやすい制度です（国税庁タックスアンサー No.1131）。通院費より市販薬の購入が中心で、かつ年間の医療費総額が10万円に届かない人は、セルフメディケーション税制の対象になるかどうかを確認する価値があります。
一度確定申告で選択すると、更正の請求（申告内容に誤りがあり、税額を少なく訂正したいときに行う手続き）や修正申告（税額を多く訂正するときに行う手続き）で後から他方へ切り替えることもできません。どちらが有利かは、申告書を出す前に両方の控除額を試算して決めてください。
ステップ1・2｜レシート・領収書の集め方と保管ルール
出典: いらすとや
医療費控除でつまずく最大の理由は、申告そのものではなく「レシートが手元にない」ことです。対象は1月1日から12月31日までに実際に支払った分なので、年の途中からでも封筒を1つ用意して、病院・薬局のレシートを放り込むだけで準備は前進します。
家族分もまとめて申告できる
医療費控除は本人の分だけではありません。生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費も合算できます。同居していなくても、仕送りをしているなど生計が一であれば対象になるため、進学で離れて暮らす子どもの医療費も見落とさないようにしましょう。
領収書は提出不要でも5年間保管する
平成29年分の確定申告から、領収書そのものを申告書に添付・提示する必要はなくなりました。代わりに「医療費控除の明細書」を添付します。ただし国税庁の医療費控除Q&Aのとおり、提出不要になった領収書は自宅で5年間保管する義務があります。
税務署から提示・提出を求められることがあるため、申告が終わっても捨ててはいけません。年ごとに封筒やファイルへ分けておくと、後から探す手間がなくなります。
ステップ3｜医療費控除の明細書の書き方
出典: いらすとや
医療費控除の明細書は、医療を受けた人ごと・病院や薬局ごとに、支払った医療費と補填される保険金等の額をまとめる書類です。国税庁の確定申告書等作成コーナーで申告書を作れば、画面の入力に沿って自動で作成されます。様式は年分によって細部が変わることがあるため、作成する年分の様式を国税庁サイトで確認してください。
医療費通知があれば記入を省略できる
健康保険組合等が発行する「医療費通知（医療費のお知らせ）」を明細書に添付すると、その部分については個別の記入と領収書の保存が不要になります。国税庁「医療費控除の明細書」の手引きも「医療費控除の明細書の記載事項を通知書の記載事項により省略できます。」としています。
省略が認められるのは、次の6項目が記載された通知です。
- 被保険者等の氏名
- 療養を受けた年月
- 療養を受けた者
- 療養を受けた病院・診療所・薬局等の名称
- 支払った医療費の額
- 保険者等の名称
ステップ4・5｜還付申告のやり方（e-Taxと書面）
出典: いらすとや
還付申告は1月上旬から5年間いつでも出せる
所得税の確定申告期間は例年2月中旬から3月中旬までで、令和7年分（2025年分の所得）は2026年2月16日から3月16日まででした。一方、医療費控除だけを申告する還付申告はこの期間に縛られず、翌年1月1日から5年間いつでも提出できます。
つまり「3月15日を過ぎたから今年はもう無理」ということはありませんし、過去に申告し忘れた年の分も、5年以内ならさかのぼって申告できます。なお実務上は、税務署の年末年始の閉庁期間や確定申告書等作成コーナーの提供開始時期があるため、1月上旬からと考えておくとよいでしょう。
e-Taxで提出する場合
e-Taxは書面提出より早く受付が始まり、24時間提出できます。e-Taxの受付開始に関するお知らせによると、令和7年分は2025年1月6日から受付が開始されました。混雑する確定申告期間を待たずに済むのが最大の利点です。
提出方法は、マイナンバーカードとスマートフォン等で本人確認する「マイナンバーカード方式」と、事前に税務署で発行を受けたIDとパスワードを使う「ID・パスワード方式」の2つです。確定申告書等作成コーナーで医療費控除の金額を入力し、そのまま送信すれば完了します。
書面で提出する場合
マイナンバーカードがない場合でも、確定申告書等作成コーナーで作成した申告書を印刷し、医療費控除の明細書を添えて税務署へ郵送または持参すれば提出できます。手書きの用紙は税務署で入手できますが、計算ミスを防ぐ意味では作成コーナーの利用が確実です。
出典: いらすとや
なお令和8年分（2026年分の所得）の申告期間やe-Taxの受付開始日は、2026-09-02時点で国税庁から正式な発表を確認できませんでした。提出前に国税庁の公式サイトで最新の日程を確認してください。
医療費控除でよくある失敗と注意点
ふるさと納税のワンストップ特例が無効になる
ふるさと納税をしている人は特に注意してください。見落としが多いのがこれです。ふるさと納税のワンストップ特例を申請していても、同じ年分について医療費控除で確定申告をすると、ワンストップ特例の申請は自動的に無効になります。
この場合、国税庁「ふるさと納税をされた方へ」のとおり、確定申告書に寄附金控除として寄附分を含めて申告し直す必要があります。書き忘れると寄附金控除が適用されないまま確定してしまい、医療費控除で戻る金額よりも損をしかねません。寄附金の受領証明書も一緒に用意しておきましょう。
セルフメディケーション税制との二重取りはできない
前述のとおり両制度は選択適用で、後から切り替えることもできません。市販薬のレシートと通院分のレシートが両方ある人は、集計の段階で「どちらの制度で申告すると控除額が大きいか」を必ず比較してください。
医療費通知に載っていない期間の記入漏れ
医療費通知は健康保険組合等によって発行時期や様式が異なり、その年の後半（10月〜12月支払分など）が反映されていないことがあります。また、自由診療や市販薬の購入は通知に載りません。
通知でカバーされない期間・費目については、従来どおり領収書をもとに自分で明細書へ記入する必要があります。「通知を添付したから全部済んだ」と思い込まないことが大切です。
結局、今から申告できるのはいつの分？
ここまでに出てきた「令和7年分は2026年2月16日〜3月16日」という日付は、あくまで所得税の通常の確定申告期間の実績であり、この記事を読んでいる今の時点ではすでに過ぎています。しかし医療費控除の還付申告はこの期間と無関係です。令和7年分（2025年分の所得）はもちろん、それより前の年分も含めて5年以内ならさかのぼって今から申告できますし、これから迎える令和8年分（2026年分の所得）の医療費も、翌年1月以降に同じ手順で申告できます。つまり「今年の申告期間を逃したから終わり」ではなく、過去の分も含めて今すぐ動き始められるということです。
まとめ｜医療費控除の申請で損をしないために
出典: いらすとや
医療費控除のやり方は、レシートを集める → 明細書を作る → e-Taxか書面で還付申告を出す、というシンプルな流れです。押さえるべき要点は次の4つです。
- 対象は治療目的の支出。健康診断や美容目的、自家用車のガソリン代は対象外
- 控除額は「（医療費 − 補填される保険金等）−（10万円と総所得金額等の5%の低い方）」で、上限は200万円
- 領収書の添付は不要だが、5年間の保管義務がある
- 還付申告は確定申告期間と関係なく、翌年1月1日から5年間いつでも提出できる
今日からできる最初の一歩は、封筒を1つ用意して病院・薬局のレシートをまとめて入れることです。これだけで、申告時期に「レシートが見つからない」という最大の失敗を防げます。ふるさと納税のワンストップ特例を使っている人は、寄附金控除の書き直しも忘れずに準備しておきましょう。
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